Durante tutto il Trecento e la prima metà del Quattrocento, le vicende storiche di Morazzone sono lasciate ancora nell'ombra; di quel periodo rimangono solo alcuni documenti frammentari come gli "Statuti delle strade e delle acque del contado di Milano" del 1346. Il nostro villaggio torna agli onori della cronaca dalla seconda metà del Cinquecento fino al terzo decennio del Seicento soprattutto grazie alla straordinaria figura di Pier Francesco Mazzucchelli. In uno scenario già assai tormentato, nel decennio 1560-1570 la vita del paese viene sconvolta da una catena di delitti e di violenze; nel 1576 scoppia la cosiddetta "peste di S. Carlo"; nel 1593 Morazzone è obbligato a versare una tassa straordinaria per pagare i compensi dati a chi ha ucciso o ha catturato dei lupi, che costituivano un vero flagello per la zona; nel 1630, infine, scoppia un'altra terribile pestilenza. Passano pochi decenni e la corona spagnola, che occupa la Lombardia, decide di infeudare molte terre ancora "libere": tra queste vi è anche Morazzone, che il 19 agosto 1647 viene infeudato.
