Dopo i rivolgimenti politici e sociali legati al contrastato periodo napoleonico (fine Settecento inizio Ottocento), Morazzone tornò, sotto l'Austria, a condurre una vita anonima e tranquilla e venne di nuovo alla ribalta della storia solo in occasione dello scontro armato combattuto il 26 agosto 1848 tra un piccolo contingente garibaldino e le truppe austriache. Dopo il conseguimento dell'unità nazionale, il nostro paese confermò, consolidandolo, il suo ruolo, che continua tuttora, di piccolo centro ruotante attorno a Varese e Milano. Nel periodo a cavallo tra Ottocento e Novecento, e anche nei decenni successivi, la relativa vicinanza con le principali vie di comunicazione che collegano Varese a Gallarate e a Milano (che proprio in quegli anni o furono costruite ex novo oppure vennero ampliate), facilitò ai morazzonesi gli spostamenti, i movimenti, gli scambi, e quindi favorì la crescita economica e culturale del paese. In questo secondo dopoguerra, poi, Morazzone ha seguito le vicende politiche, sociali, culturali del nostro Paese svolgendo sì un ruolo un po' defilato, ma comunque sempre attivo e presente. Inoltre ha vissuto senza particolari sconvolgimenti il passaggio, sicuramente non facile, da un'economia di tipo prevalentemente agricolo a una di predominante carattere artigianale e, poi, a una di tipo post-industriale. Ha assorbito inoltre senza grossi traumi il rilevante fenomeno immigratorio prima dal Veneto e poi dal Meridione, che ha contribuito in modo ragguardevole all'aumento della popolazione, passata dai 2000 abitanti circa del 1950 ai 4199 del 31 dicembre 1998. Le cospicue testimonianze epigrafiche di epoca romana trovate a Morazzone, e che hanno attirato l'attenzione e l'interesse degli studiosi di quel periodo (Bonaventura Castiglioni e Teodoro Mommsen), erano custodite presso la chiesetta di S. Maria Maddalena fino agli inizi del secolo scorso. Oggi a Morazzone si trovano i due blocchi di granito e la lapide di serizzo già studiati dal Mommsen, tutti collocati all'interno della chiesa parrocchiale di S. Ambrogio: i due blocchi ricordano la nascita, lo status sociale e, uno dei due, anche la morte sul luogo dei due fratelli Marco e Lucio Sentii, vissuti nel I secolo d.C., legionari della IV legione Scitica, appartenenti alla tribù Oufentina. La lapide funeraria, invece, fu fatta incidere anch'essa sul finire del I secolo da Marco Campilio Daphnos, liberto di Marco Campilio Fusco (il quale ricopriva a Milano la carica di séviro senior) a ricordo della moglie Donnia Pupa. Una così rilevante concentrazione di reperti romani in una unica località lascia supporre o che il nucleo originario del paese fosse proprio alla Maddalena oppure che in quel luogo si trovasse una necropoli. A proposito dei due blocchi dei fratelli Sentii, si può affermare che la fortuna che essi hanno goduto nel corso dei secoli è stata costante, tanto che una delle ipotesi più antiche e radicate sulle origini del nome del paese chiama in causa proprio la gens Sentia: secondo questa supposizione esso sarebbe nato dalla combinazione dell'espressione mora Sentium. Tale ipotesi, però, negli ultimi tempi ha perso consistenza poiché appare troppo scopertamente creata ad hoc per nobilitare le origini del paese. Recentemente è stata prospettata la possibilità di un'origine celtica della base "Mor", forse traccia di una tribù staccatasi dal popolo dei Morini, che ha dato origine ad altri numerosi toponimi come Mornago, Mornasco, Morcote.
